关于您因酒后驾车被捕后公司扣除两年绩效工资及半年年休假工资是否合法的问题，需要结合具体情况分析。不合法。1.若公司仅以您酒后驾车被捕为由直接扣除两年绩效工资：绩效工资通常与员工的工作表现、业绩等挂钩，如果您的酒后驾车行为并未直接影响工作表现或给公司造成损失，且公司规章制度中无明确规定此情形下可扣除绩效工资，则该扣除行为不合法。2.若公司扣除您半年年休假工资：年休假工资是劳动者依法享有的休息休假权利的体现，除非公司能证明年休假工资是预支的且劳动合同中有明确约定，否则公司无权扣除。
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在判断公司扣除您绩效工资和年休假工资是否合法的过程中，存在一些特殊情况或例外情形会影响处理结果。1.公司规章制度有明确且合法的规定：如果公司的规章制度中明确规定员工因酒后驾车等违法行为被捕属于严重违反公司规章制度，且该规章制度经过民主程序制定并向员工公示，同时规定了在此情形下可以扣除绩效工资，那么公司扣除绩效工资的行为可能具有一定的合法性。这种情形下，公司扣除绩效工资的行为会被认为是有章可循的。2.劳动合同中关于年休假工资预支的明确约定：如果公司能证明年休假工资是预支的，且劳动合同中有明确约定在特定情况下（如员工出现违法违纪行为）可以扣回预支的年休假工资，那么公司扣除半年年休假工资可能合法。这种情形会使公司的扣除行为有合同依据。
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您因酒后驾车被捕后公司扣除工资的行为，可能会给您带来一些法律风险。1.经济损失风险：公司扣除您两年绩效工资和半年年休假工资，会直接导致您的经济收入减少。例如，如果您的月绩效工资为5000元，两年就会被扣除120000元，这会给您的生活造成较大经济压力。2.证据链风险：如果您缺乏充分的证据（如公司规章制度没有明确规定、工资条记录不清晰等），可能导致在维权时无法有效证明公司扣除行为的违法性，从而无法成功主张自己的权益。
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针对您因酒后驾车被捕后公司扣除年休假工资的行为，我们可以从法律依据角度进行分析。《职工带薪年休假条例》第二条规定：“机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。”您作为公司职工，在符合条件的情况下依法享有年休假，且年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入。公司扣除您半年年休假工资，显然与该条例规定相悖，除非存在“年休假工资是预支的，且劳动合同中有明确约定”这一特殊情况，否则公司的扣除行为没有合法依据。

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